هرچند نویسنده کتاب روایت رهبری مدعی شده است بخشی از خاطرات مرحوم هاشمی رفسنجانی از جلسه انتخاب مقام معظم رهبری در سال ۶۸ و رأی‌گیری درباره آیت‌الله گلپایگانی به‌عنوان یکی از گزینه‌ها، کذب است، اما خاطرات برخی چهره‌ها چون آیت‌الله فیض گیلانی، روایت بخش نوجوانان سایت دفتر تنظیم و نشر آثار رهبر معظم انقلاب و همچنین توضیحات سایت خبرگان رهبری ادعای آقای جبرائیلی را تایید نمی‌کند.
ایرنا نوشت: زمان زیادی از انتشار کتاب «روایت رهبری» به قلم سید یاسر جبرائیلی نمی‌گذرد. بنا به اطلاعاتی که سایت دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله خامنه‌ای منتشر کرده است، این کتاب شامل اطلاعاتی دست‌اول از «مذاکرات شورای انقلاب، متن مذاکرات اجلاسیه خبرگان در سال ۶۴، اجلاسیه خبرگان در سال ۶۸ ، بخشی از مذاکرات جلسه رؤسای قوا و مرحوم حاج احمد آقا در حضور امام رحمه‌الله در مهر۶۷ (۶ ماه قبل از عزل آیت‌الله منتظری) که در آن برای اولین بار حضرت امام رحمه‌الله، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای را برای رهبری آینده نظام مطرح می‌کنند» می‌شود.
اخیراً نویسنده کتاب در یادداشتی خطاب به محسن هاشمی، رئیس هیئت مدیره دفتر نشر معارف انقلاب، درخواست کرده است بخش‌هایی از کتاب خاطرات مرحوم آیت‌الله هاشمی رفسنجانی به‌عنوان مرجع پژوهشگران تاریخ اصلاح شود. وی در نامه خود آورده است: «خاطرات مرحوم هاشمی گاهاً شاید به سبب فاصله گرفتن ایشان از رویدادها یا هر دلیل دیگری، با اسناد متقن و غیرقابل تشکیک، در تضاد آشکار است و مع‌الأسف، همین روایت‌های مخدوش، دستخوش تحلیل‌های ناصوابی از رویدادهای مهم تاریخ انقلاب اسلامی‌شده است».
یکی از این موارد، مربوط به اجلاسیه خبرگان رهبری در سال ۶۸ برای انتخاب رهبری است. جبرائیلی در این یادداشت بیان کرده است: «ایشان در صفحه ۱۵۰ کتاب خاطرات سال ۶۸ (بازسازی و سازندگی) نوشته‌اند که «ابتدا به پیشنهاد اعضای جامعه مدرسین [حوزه علمیه قم] که عضو مجلس خبرگان بودند، آیت‌الله گلپایگانی مطرح شد. حدود ۱۴ نفر به ایشان رأی دادند». اسناد مربوط به مذاکرات ۱۴ خرداد ۶۸ نشان می‌دهد این ماجرا از اساس واقعیت ندارد و به‌هیچ‌وجه درباره حضرت آیت‌الله گلپایگانی، هیچ‌گونه رأی‌گیری انجام نشده است که تعداد آرای ایشان، ۱۴ باشد. آقای هاشمی در موقعیت‌های دیگری نیز همین مسئله را با افزودن تحلیل‌هایی بیان فرموده‌اند.»
هرچند فرزند آیت‌الله هاشمی در پاسخ به اظهارات نویسنده کتاب «روایت رهبری» تأکید کرده «آیت‌الله هاشمی رفسنجانی این خاطره را در همان روز، در دفتر خاطرات خود مرقوم کردند و در سال ۱۳۹۰، قبل از انتشار کتاب خاطرات خود، نسخه‌ای را جهت مطالعه و اظهارنظر رهبر معظم انقلاب، شخصاً به ایشان تقدیم کردند و ملاحظه‌ای نیز در مورد این بخش از خاطرات از سوی مقام معظم رهبری به ایشان بیان نگردید»، اما نشانه‌های دیگری دال بر تأیید روایت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی وجود دارد.
جست‌وجو در روایات و خاطرات اعضای وقت خبرگان در آن جلسه یکی از این دلایل است. بنا به اظهارات آیت‌الله فیض گیلانی بعد از تصمیم‌گیری خبرگان رهبری درباره انتخاب رهبری فردی به‌جای شورایی، «اسم آیت‌الله گلپایگانی به میان آمد. موافقان صحبت کردند اما مخالفی نداشت، چون کسی حاضر نشد برود پشت میز و بگوید آقای گلپایگانی اشکال دارد و صلاح هم نبود. بعد به‌کفایت مذاکرات رأی گرفتیم و آقای گلپایگانی رأی نیاورد...». آیت‌الله مجتهد شبستری نیز در خاطرات خود از آن جلسه به موضوع گفت‌وگو بر سر انتخاب آیت‌الله گلپایگانی برای رهبری اشاره کرده و گفته است «پس از روشن شدن تکلیف بحث شورا، افراد را مطرح کردند. عده‌ای آیت‌الله گلپایگانی را پیشنهاد کردند و من دوباره از جا برخاستم و با صدای بلند به آقای هاشمی اعتراض کردم و گفتم من یادداشتی را به شما داده‌ام و الان وقت قرائت آن رسیده، پس آن را بخوانید ...»
علاوه بر این، وب‌سایت نو+جوان دفتر حفظ و نشر آثار رهبر انقلاب بعد از انتشار فیلمی ۱۹ دقیقه‌ای از اجلاسیه ۱۴ خرداد سال ۶۸ خبرگان رهبری در فضای مجازی، مطلبی را با عنوان «ماجرای آن روز» منتشر کرد. بخش‌هایی از این متن به انتخاب «رهبری فردی» پرداخته و علت انتخاب مقام معظم رهبری را عدم کسب رأی کافی دیگر گزینه‌های پیشنهادی عنوان کرده است. در ادامه آن نیز اشاره کرده «برای مثال انتخاب سید محمدرضا موسوی گلپایگانی، از مراجع تقلید وقت، با ۱۴ رأی مثبت و ۶۱ رأی منفی تأیید نشد.»
به دنبال انتشار همان فیلم جنجالی در فضای مجازی بود که پایگاه اطلاع‌رسانی مجلس خبرگان رهبری نیز در دی ماه ۹۶ توضیحاتی را ارائه داد و ذیل عنوان «چرا رهبر از میان مراجع تقلید آن زمان، انتخاب نشد؟»، نوشت: «با اینکه لیست‌های مختلفی از حالت‌های مختلف رهبری شورایی نوشته شده بود، ولی وقتی این گزینه در خبرگان رأی نیاورد، تنها راه، رأی‌گیری برای رهبری افرادی بود که گمان می‌رفت صلاحیت این منصب را داشته باشند. قانوناً انتخاب رهبر به دوسوم آرای نمایندگان خبرگان نیاز دارد. گزینه‌های مختلفی در مجلس خبرگان مطرح شد ولی اکثر اعضای مجلس خبرگان که همگی مجتهد هستند، هیچکدام از آن بزرگواران را هر چند که مرجع تقلید بودند، دارای صلاحیت رهبری نمی‌دانستند؛ حتی در مجلس خبرگان برای رهبری یکی از مراجع بزرگوار آن زمان، یعنی آیت‌الله گلپایگانی رأی‌گیری شد ولی ایشان تنها ۱۴ رأی موافق و ۶۱ رأی مخالف داشتند.»
در کتاب خاطرات مرحوم هاشمی رفسنجانی نیز درباره پیشنهاد مرحوم آیت‌الله گلپایگانی برای رهبری آمده است: «بعضی‌ها طرفدار رهبری شورایی و بعضی خواهان رهبری فردی بودند. بعضی آیت‌الله خامنه‌ای و بعضی‌ها آیت‌الله [سید محمدرضا] گلپایگانی را مطرح کردند و برای شورا هم اسم‌هایی برده شد. قبلاً در مشورت‌های سران قوا و جمعی دیگر از بزرگان به این نتیجه رسیده بودیم که شورایی مرکب از آیات خامنه‌ای، موسوی اردبیلی و مشکینی، رهبری را به عهده بگیرند، ولی در مذاکرات، رهبری فردی رأی بیشتری آورد. آیت‌الله خامنه‌ای با رهبری فردی مخالفت کردند. من هم مخالف بودم. نوبت نرسید. ابتدا به پیشنهاد اعضای جامعه مدرسین [حوزه علمیه قم] که عضو مجلس خبرگان بودند، آیت‌الله گلپایگانی مطرح شد. حدود ۱۴ نفر به ایشان رأی دادند. سپس پیشنهاد رهبری آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شد. خود ایشان پشت تریبون رفتند و گفتند من با رهبری شورایی مطابق قانون اساسی موافقم و با رهبری فردی مخالفم. پس چگونه نامزد بشوم؟» گفتنی است این روایت بارها و به طرق مختلف از سوی وی مطرح شده بود، اما تاکنون هیچ‌یک از چهره‌های حاضر در آن جلسه خبرگان در مخالفت با آن، موضع‌گیری نکرده بودند.
خردادماه سال ۹۴ مرحوم آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در جلسه مجمع تشخیص مصلحت نظام تلویحاً به این موضوع اشاره کرده و گفته بود: بعد از رحلت امام، اعضای خبرگان شبانه برای تشکیل جلسه به تهران فراخوانده شدند تا خللی در اداره کشور ایجاد نشود. در آن زمان ۱۴ نفر قصد داشتند جریان انتخاب رهبری را به نحو دیگری رقم بزنند که اکثریت اعضا با تصمیم قاطع خود، رهبری آیت‌الله خامنه‌ای را اعلام کردند.
