در بخشی از خاطرات ابراهیم یزدی، به ماجرای دیدار او با امام خمینی در مورد درگذشت دکتر شریعتی پرداخته شده است.
به گزارش «انتخاب»؛ در خاطرات سال 56 دکتر یزدی آمده است: «بعد از انجام مراسم تشییع و خاک‌سپاری جنازه دکتر شریعتی، با دوستان خداحافظی کردم و از لبنان به بغداد و سپس به نجف رفتم.
علاوه بر تلگرافی که خود من قبل از سفر به لندن به آیتالله خمینی زدم، انجمن‌های اسلامی دانشجویان آمریکا و کانادا و اروپا و سایر نهادهای اسلامی با ارسال تلگراف‌هایی برای آیتالله خمینی به نجف، درگذشت او [شریعتی] را تسلیت گفتند. ارسال این تلگراف‌ها طبق برنامه و به منظور اثرگذاری بر موضع آیتالله خمینی در رابطه با درگذشت شریعتی بود. در دیدار با آیتالله خمینی در نجف چندین موضع مطرح شد...
در این دیدار، پیرامون دیدگاه‌های شریعتی و تاثیر حرکت او بر روحیات و تفکرات نسل جدید بحث شد. من نظراتم را با صراحت بیان کردم و گفتم که به جرات می‌توان گفت هیچ نویسنده‌ای و متفکری در تاریخ معاصر ایران به اندازه شریعتی روی جوان‌ها اثر نگذاشته است. شریعتی زبان ما را به خصوص زبان ذهن نسل جوان را به خوبی فهمیده بود و با آن زبان با آنها سخن می‌گفت و دردهای آنان را مطرح می‌ساخت و به پرسش‌های بی‌پاسخ‌مانده آنان پاسخ داده است. تاثیر شریعتی تنها بر نسل جوان تحصیل‌کرده نبود. علی‌رغم برخی موضع‌گیری‌های غرض‌آلود و یا جاهلانه توسط معدودی از روحانیون، بسیاری از فضلا و طلاب جوان حوزه علمیه، تحت تاثیر افکار شریعتی قرار گرفته‌اند. برای آیتالله خمینی توضیح دادم که رژیم شاه و ساواک سخت در تکاپوست تا روابط شریعتی و جریانی را که او به آن تعلق داشت، یعنی جریان اسلامی روشنفکران را با جریان اسلامی فیضیه برهم بزند و وحدت و هم‌گرایی که به دنبال کوشش سالیان دارز جمعی از شخصیت‌های اسلامی نظیر مهندس بازرگان، دکتر سحابی، آیتالله طالقانی و مطهری میان این دو جریان ریشه‌دار اسلامی به وجود آمده بود، مخدوش سازد. حفظ سلامت و رشد حرکت اسلامی در گرو ادامه این وحدت است و می‌بایستی به رغم تلاش عناصر وابسته، حاصل این وحدت حفظ شود.
آیتالله خمینی در پاسخ صحبت‌های من، ضمن تایید تاثیرات شریعتی بر نسل جدید، ایرادات خود را به شریعتی نیز بیان کردند و چند مورد را هم ذکر کردند. به عنوان نمونه موضع شریعتی درباره علامه مجلسی یا ایرادات او به مفاتیح‌الجنان را مردود می‌دانستند. نظر آیتالله خمینی این بود که مجلسی از خدمت‌گزاران بزرگ اسلام بوده است و نبایستی به او حمله می‌شد. یا می‌گفتند که وقتی شریعتی با آن ظرافت و لطافت مسئله نیایش و دعا را مطرح ساخته است مگر مفاتیح‌الجنان جز دعاهای اصیل اسلامی چیز دیگری است.
آیتالله خمینی همچنین به موضع شریعتی درباره حدیث ثقلین و جریان سقیفه که در کتاب اسلام‌شناسی شریعتی آمده است ایراد داشتند.
من جریان دیداد و گفت‌و‌گوهای مفصل خود را با آقای مطهری در لندن همراه آقایان دکتر سروش و دکتر خرازی برای ایشان توضیح دادم و تاکید کردم که اولا علاقه و احترام و اعتقاد ما به شریعتی به این معنا نیست که او را مطلق کنیم. جز قرآن که وحی منزل است، هیچ نوشته و کلامی مطلق نیست. بنابراین ما شریعتی را مطلع نمی‌کنیم. و ثانیا نوشتجات و سخنان شریعتی را سه قسمت می‌کنیم: قسمت اعظم آنها قابل قبول، مفید و بسیار موثر می‌باشند. برخی از افکار وی نادرست است و مورد قبول ما هم نمی‌باشد و در پاره‌ای از مسائل هم اشتباه دارد. اما این دو قسمت اخیر نباید باعث بشود که ما از خدمات عظیم او چشم بپوشیم. باید در برابر کسانی که او را تخطئه می‌کنند، از وی تجلیل به عمل آید. تصادفا آنها که او را تخطئه می‌کنند، هرگز نیامده‌اند به صورت معقول و منطقی ایراداتی را که به او وارد است، مطرح کنند. بلکه به شیوه اهل جهنم با او به تخاصم پرداخته‌اند و قبل از آن‌که بخواهند ایرادات خود را درباره مطالب او مطرح و اصلاح کنند، با تمسک به برخی مسائل کودکانه و ماجراجویانه از قبیل کشیدن اسم عمر و ابوبکر و عثمان از شکم آرم حسینیه ارشاد و انتساب مطلابی به او که او هرگز آنها را نگفته است، شخصیت او را بکوبند تا به دنبال آن، روابط جوانان را با روحانیت برهم بزنند. در برابر چنین جریانی باید از خدمات وی تجلیل شود. پیشنها مشخص من آن بود که آیتالله خمینی در پاسخ به تلگرافات واصله از وی تجلیل کنند تا بهانه‌ها از دشمن گرفته شود.
نظر آیتالله خمینی این بود که چون انتقادات و ایراداتی به برخی از نوشتجات دکتر شریعتی دارند، چنین اعلامیه‌ای به مصلحت نمی‌باشد. اما من تاکید کردم که به نظر می‌رسد اشکالی نداشته باشد. چنان‌چه ایشان ضمن تجلیل از دکتر به وارد بودن ایرادات هم اشاره‌ای بشود.
اما به هر حال، ایشان همچنان تاکید کردند که دخالت ایشان در این امر دعواهای ایران را شدیدتر خواهد کرد و به مصلحت نمی‌باشد اما من هم بر موضع خود تاکید داشتم.
آیتالله خمینی همچنین گفتند تلگراف‌های زیادی از آمریکا و اروپا به مناسبت درگذشت شریعتی به ایشان شده است و اسامی تعدادی از آنها را که یادداشت کرده بودند به من دادند و گفتند من نمی‌توانم به همه آنها تک‌تک جواب بدهم. یادداشتی خطاب به شما می‌نویسم، شما از جانب من از همه آنها تشکر کنید. من هم قبول کردم. روز بعد آقای دعایی نامه آیتالله خمینی را خطاب به من در پاسخ به تلگراف‌های تسلیت آوردند اما من با آگاهی و اطلاع از فضای حاکم بر جوانان و دانشجویان مسلمان و اعتقادی که به دکتر شریعتی داشتند و با توجه به سیاست‌های موذیانه‌ای که مسئولان رژیم شاه در مورد دکتر شریعتی اتخاذ کرده بودند متن را مناسب ندیدم و به آقای دعایی برگرداندم و نظراتم را هم برای ایشان توضیح دادم و تاکید کردم که این متن به موقعیت آیتالله خمینی در میان جوانان و روشنفکران لطمه می‌زند. سپس نجف را به مقصد بغداد ترک کردم. آیتالله خمینی حتی قبول نکردند که به استاد محمدتقی شریعتی تلگراف تسلیت بزنند. من از این موضع ایشان ناراحت شده بودم. خصوصا وقتی به بغداد برگشتم و فرصتی که تا روز پرواز از بغداد داشتم کتاب «ناکثین، مارقین و قاسطین» مرحوم دکتر را که همراه داشتم و می‌خواندم در یکی از پاورقی‌ها به مطلبی برخوردم که شریعتی خود به اتهاماتی که به او زده می‌شد جواب داده بود. روز بعد آقای دعایی به هتل محل اقامت من در بغداد آمدند و متن جدیدی را که نظرات من تا حدودی رعایت شده بود آوردند که قبول کردم. من هم نامه‌ای را که بعد از ترک نجف، در بغداد نوشته و در آن از برخی مسائل گله کرده بودم، همراه با کتاب شریعتی به ایشان دادم که به آیتالله خمینی بدهند.
خاطرات دکتر ابراهیم یزدی، شصت سال صبوری و شکوری جلد دوم؛ تهران: انتشارات کویر، چاپ چهارم، ۱۳۹۸، صص ۳۹۳-۳۹۷.
