روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله امروز خود نوشت: حدود یک هفته قبل از انتشار نامه آیت‌الله حاج شیخ محمد یزدی به مرجع اخلاق محور حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی، خبری به رسانه‌ها از قول این مرجع تقلید راه یافت که از نگرانی ایشان درباره افول اخلاق در حوزه علمیه حکایت داشت.
این مرجع تقلید در دیدار دبیر شورای عالی حوزه علمیه قم گفتند: «شرایط کنونی ایران و جهان، ویژه است و حوزه علمیه قم به تقویت اخلاق نیاز دارد. زمانی که مرحوم آقای خمینی درس اخلاق می‌گفتند تا چند روزی حوزه یک حال و هوای دیگر داشت. امروز جای این درس اخلاق در حوزه خالی است...»
ویژگی بارز حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی این است که خود به آنچه می‌گویند عمل می‌کنند. این ویژگی در سکوت این روزهای ایشان در برابر نامه آیت‌الله یزدی متجلی شده است و همانطور که در خبرها آمده دفتر ایشان اعلام کرد: حضرت آیت‌الله شبیری نظری درخصوص این نامه ندارند و فعلاً سکوت در پیش گرفته‌اند.»
در مطالبی که در روزهای اخیر به دلیل انتشار نامه رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی در رسانه‌ها مشاهده می‌شود، انواع برخوردها را می‌توان دید. رعایت اخلاق، در بعضی از عکس العمل‌ها مشهود است کما اینکه بعضی از آنها در عین حال که درصدد تذکر اخلاقی به نویسنده نامه برآمده‌اند خودشان ادبیاتی را بکار گرفتند که اخلاق در آن رعایت نشده است. بگذریم از افرادی که اصولاً نگارش و انتشار این نامه را امری طبیعی و حتی لازم تلقی کرده و در صدد توجیه آن برآمده اند، اقدامی که با هیچ معیاری منطبق نیست. همچنین بگذریم از کسانی که از فرصت پیش آمده درصدد استفاده سیاسی به نفع خود و گروه و جناح خود برآمده‌اند که این نیز دور از اخلاق است.
آنچه بیش از همه مایه نگرانی است، گم شدن اخلاق در حوزه‌های علمیه است. متاسفانه عده‌ای در حوزه به بهانه انجام اقدامات انقلابی، معیارهای اخلاقی را زیر پا می‌گذارند و هر کاری که می‌خواهند انجام می‌دهند و هرچه می‌خواهند می‌گویند. ما که در جامعه و در میان مردم هستیم، به روشنی می‌بینیم و سوگمندانه می‌شنویم که عموم مردم از این قبیل رفتارها که به نام روحانیت و حوزه صورت می‌گیرد نگران و ناراضی هستند. مردم از انقلاب، اخلاق و آداب اسلامی و انسانی و حفظ حرمت‌ها را انتظار دارند به ویژه از روحانیت و حوزه علمیه قم...
اگر در ماجرای نامه نگاری اخیر و عکس العمل‌هائی که نشان داده شده، خیری وجود داشته باشد این است که همه بفهمیم دچار فقر اخلاقی شدیدی هستیم. همه باید این تصور غلط را کنار بگذاریم که انقلابی بودن یعنی پرخاش کردن به این و آن و حرمت‌ها را نادیده گرفتن...
ان شاءالله که تعارف نیست