بعدازظهر پنجشنبه ۲۹ شهریور ۱۳۵۸ مجلس بررسان نهایی قانون اساسی اصول ۲۶ و ۲۷ قانون اساسی را به تصویب رساند. بر اساس اصل ۲۶ «تفتیش عقاید ممنوع است و هیچ‌کس را نمی‌توان به صرف داشتن عقیده مورد تعرض و مواخذه قرار داد.» مشروح این جلسه که در روزنامه کیهان مورخ شنبه ۳۱ شهریور ۵۸ منتشر شد به شرح زیر بود:
ساعت چهار و سی دقیقه بعدازظهر پنجشنبه مجلس بررسی نهایی قانون اساسی با ۴۸ نفر نماینده حاضر در جلسه به ریاست دکتر بهشتی رسمیت یافت و در این جلسه اصول ۲۶ و ۲۷ مورد تصویب قرار گرفت و همچنین اصل ۲۵ بدون نتیجه به گروه مربوطه ارجاع گردید. قبل از رسمیت جلسه عده‌ای از نمایندگان به غیبت نمایندگان دیگر اعتراض کردند.
در آغاز جلسه آیت‌الله حائری یزدی به عنوان ناطق قبل از دستور سخنانی ایراد کرد وی گفت:
«من با وجودی که کسالت دارم و اکنون نیز حالم خوب نیست مطالبی را می‌گویم و خواهش می‌کنم در این باره خوب فکر کنید زیرا حقایق غیر از چیزهایی است که اکنون مد روز شده است.
مسئله اول راجع به تشیع و سایر فرق اسلامی است و با وجودی که من آرزو دارم جهان سومی از ملل اسلامی تشکیل شود که بتواند در مقابل جهان کمونیسم و سرمایه‌داری قرار گیرد و امیدوارم این وحدت اسلامی باشد، ولی این دلیل نمی‌شود که تشیع از حقوق حقه خود دست بردارد و قدمی به عقب بگذارد ما گرچه در بسیاری از اصول با هم مشترکیم مثل توارث، نکاح ولی اقتضا نمی‌کند که سایر موارد را ندیده بگیریم و این به جای اتحاد بین شیعه و سنی بین خود شیعه تفرقه ایجاد می‌کند.
مطلب دوم این‌که بعضی از رفقا یک الفاظی را می‌گویند؛ ما که مقید به الفاظ نیستیم بعضی در مسائل اقتصادی با الفاظ بازی می‌کنند. اقتصاد اسلام نه یک اقتصاد کمونیستی است و نه سرمایه‌داری، بسیار اقتصاد عالی است و خدا می‌داند که قطع نظر از تعصب می‌گویم و معنای یک اقتصاد صحیح این است که همه مردم در رفاه باشند حالا فرض کنید یکی ۲ میلیون سرمایه دارد این مرفه است یکی سرمایه ۱۰ میلیونی دارد و آن ۸ میلیونش زیادی است خوب این را خیرات می‌کند. همه باید مرفه باشند. اگر زکات و خمس و سهم امام پرداخت گردد و در مصالح مملکت خرج گردد دیگر فقیری در مملکت یافت نمی‌شود، ولی نمی‌شود اگر یکی ۵۰ میلیون داشت همه این مقدار را داشته باشند، این قدرت تعلل و فکر را از بین می‌برد. باید عرضه و تقاضا آزاد باشد حالا اسمش را بگذارید نظام توحیدی، اقتصاد توحیدی، ولی شما فکر کنید ببینید در مملکت‌های کمونیستی پول‌ها چه می‌شود؟ صرف گلوله می‌شود ولی در اسلام جمع می‌شود و صرف رفاه مردم می‌گردد.»
آیت‌الله حائری همچنین در قسمت‌هایی دیگری از سخنان قبل از دستور خود درباره ولایت فقیه سخن گفت و اصل تصویب‌شده را مورد حمایت قرار داد وی از طول دادن در موضوعات بی‌جا و الفاظ گله کرد و گفت: «بعضی از موارد دیده می‌شود که در جایی بر سر دو کلمه "با رعایت ضوابط" و "بر اساس ضوابط" ساعت‌ها وقت صرف می‌کنند» و اشاره کرد که «نمایندگان سعی کنند تکالیف را مشخص کنند و کمتر به تبلیغات بپردازند.»
آیت‌الله حائری به دلیل بیماری و کسالت از دادن جواب به سوالات نمایندگان عذر خواست و در ساعت ۴ و ۴۵ دقیقه مجلس را ترک کرد.
از حقوق خاص خود برخوردارند
سپس اصل ۲۵ مورد بررسی نمایندگان قرار گرفت که بعد از بحث‌های طولانی چون به نتیجه مثبت نرسید به گروه مربوطه برگشت داده شد تا بعد از اصلاحات به مجلس عرضه کند. طبق این اصل: «همه افراد ملت اعم از زن و مرد به طور مساوی در حمایت قانون قرار گرفته و از حقوق کامل سیاسی، اقتصادی، اداری، مدنی، اجتماعی و فرهنگی طبق مقررات شرع که متناسب با استعدادها و زمینه‌های طبیعی، عاطفی و روحی هرکدام است برخوردارند.»
سپس اصل ۲۶ با ۵۱ رای موافق و ۲ رای ممتنع و بدون رای مخالف تصویب گردید. بر اساس این اصل «تفتیش عقاید ممنوع است و هیچ‌کس را نمی‌توان به صرف داشتن عقیده مورد تعرض و مواخذه قرار داد.»
پس از تصویب اصل ۲۶ اصل ۲۷ توسط دکتر بهشتی قرائت گردید و دکتر باهنر برای جواب به سوالات پشت تریبون قرار گرفت. مکارم شیرازی سوال کرد: «تضمین اجرای قانون شرع چیست و آیا می‌توان تصور کرد که مثل رژیم سابق مورد سوءاستفاده قرار گیرد یعنی این‌که ضابطه برای اجرا چیست؟» دکتر باهنر در جواب گفت: «در این مورد اصول دیگری تصریح کرده است ولی من هم فکر می‌کنم بهتر است به جای شرع، قانون گذاشته شود و همان متن اولیه باشد.»
هاشمی‌نژاد پیشنهاد کرد که «به جای قانون، دادگاه‌های صالحه بگنجانیم بهتر است» دکتر بهشتی در جواب گفت: «بعضی موارد لازم است که قبل از حکم دادگاه مجرمی را در حین ارتکاب جرم دستگیر کنند.»
خانم گرجی گفت: «من فکر می‌کنم که به حکم شرع باشد بهتر است.» دکتر باهنر در جواب خانم گرجی و دیگر نمایندگان گفت: «باید باور کنیم که انقلاب شده، آن هم انقلاب اسلامی و اکنون دیگر اسلام گوشه‌ای نایستاده و سیاست و قانون در گوشه‌ای دیگر، و باید باور کنیم که نظام جمهوری اسلامی است و قوانین اسلامی.»
بنی‌صدر نظر دکتر باهنر را تایید کرد و رای گرفته شد و این اصل با ۵۱ رای موافق و بدون رای مخالف و ۴ رای ممتنع مورد تصویب قرار گرفت. بر اساس این اصل «حیثیت، جان و مال، حقوق، مسکن و شغل اشخاص از تعرض مصون است مگر در مواردی که قانون تجویز کرده است.»
