کیهان در مقاله ای که به سیدمحمدخاتمی اختصاص دارد نوشت: سیدمحمد خاتمی هم از سوی مادر و هم از سوی پدر و اقوام آنان، با روحانیت و علوم حوزوی آشنا شد. از آنجا که پسر اوّل خانواده بود، پس از تحصیلات مقدماتی، به اصرار پدرش به قم رفت و در واقع معمم شدن او تا حدودی تحت تأثیر محیط خانوادگی و خواست پدرشان بود.
شرکت او در دانشگاه اصفهان و تحصیلش در رشته فلسفه غرب، تأثیراتی داشته که جنبه روشنفکری را در او تقویت کرده است. امتزاج این دو یعنی تحصیل حوزوی و ملبّس شدن به لباس روحانیت و تحصیل دانشگاهی، از او عنصری ساخت که دین را از دریچه غرب و تحت تأثیر آموزه‌های فلاسفه غربی نگاه کرد.
مادر با تمام وجود از سید محمد حمایت می‌کرد، حتی پس از ایجاد جریان دوم خرداد و انحرافات فکری زیادی که از رهگذر مسئولیت پسرش ایجاد شد، او می‌گوید: «فرزندانم همگی از شیوه تربیتی من سهمی عمده دارند. پس وقتی برخی حرف‌ها را می‌شنوم و برخی رفتارها را می‌بینم فقط لبخند می‌زنم. چون می‌دانم من یعنی سکینه ضیایی، دختر حاج میرزا حسن ضیایی اردکانی، معروف به ضیاءالعلما و نواده حاج ملامحمد اردکانی (سلطان‌العلما) که هر دو از فضلا و دانشمندان عهد خود بوده‌اند نمی‌توانسته‌ام فرزندانی تربیت کنم که بر مداری جز اعتقاد علمی و عملی به اسلام و راستی و درستی گام بردارند. یعنی به واقع مسئولیت تربیتی فرزندانم با من بوده است و تا پای جان از فرزندانی که با پاکی و صداقت بزرگ کرده‌ام ایستاده‌ام».
اما پدر، یعنی آیت‌الله سید روح‌الله خاتمی، که بنا به گفته همسرشان، نقش کمتری در تربیت فرزندان به واسطه مشاغل مهم علمی و انقلابی داشته‌اند، با توجه به تحصیل خاتمی در رشته فلسفه غرب و سفری که به آلمان برای تصدی مرکز اسلامی‌هامبورگ داشت، نشانه‌های غرب‌زدگی را در او یافت، به بیان آن پرداخت و این وجه را در زندگی فرزندش کتمان نکرد.
آیت‌الله علی[ابوالقاسم صحیح است] خزعلی، عضو مجلس خبرگان رهبری به نقل خاطره‌ای تأمل‌برانگیز درباره سید محمد خاتمی، رئیس‌دولت اصلاحات، پرداخت. او که در شب‌های هشتم، نهم و دهم محرم در جمع دانشجویان دانشگاه فردوسی حضور داشته است، در بیان خاطره‌ای از پدر سید محمد خاتمی گفت: «در زمانی که سید محمد خاتمی به سمت وزارت ارشاد منصوب شد برای عرض تبریک به خدمت حضرت آیت‌الله خاتمی (پدر محمد خاتمی) رفتیم که با ناراحتی ایشان مواجه شدیم و ایشان گفت که خطرناک است، پسر من غربزده است».
جالب است که تاریخ اظهارنظر آیت‌الله خاتمی، زمانی است که سید محمد برای پست وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در دولت میرحسین موسوی انتخاب شده بود؛ یعنی تاریخ اسفند 1361، که هنوز بسیاری از مواضع او، آشکار نشده بود؛ تازه ازهامبورگ آلمان بازگشته (بازگشت 1359) و چند صباحی بود که نماینده مجلس شورای اسلامی شده بود! اما دفاع مادر ایشان بعد از روشن شدن تفکر و اقدامات خاتمی و انتقاد مکرّر رهبر معظّم انقلاب اسلامی، از وضعیت فرهنگی کشور و حتی به طور مستقیم از وزارت عطاءالله مهاجرانی وزیر ارشاد دولت خاتمی صورت می‌گیرد!
دیدگاه آیت‌الله خاتمی را استاد شهید مطهری نیز داشتند. با این تفاوت که چون مدتی، سید محمد نزد آیت‌الله مطهری درس می‌خواند، برای رفتن به آلمان و تصدی مرکز اسلامی‌هامبورگ با استاد مشورت می‌کند، ایشان با شناختی که از روحیات او داشتند، با رفتن او مخالفت می‌کنند. سید محمد خاتمی به این سفر می‌روند، وقتی بازمی‌گردند، استاد مطهری از وقوع این امر یعنی رفتن او به آلمان اظهار تأسف می‌کنند! قطعا ملاقات و مذاکراتی در بین بوده که استاد به این نتیجه رسیده‌اند. علی مطهری فرزند شهید آیت‌الله مطهری تأکید دارد که چه بسا استاد مطهری با توجه به روحیات آقای خاتمی، از تأثیرپذیری وی از فرهنگ واندیشه غربی نگران بوده‌اند.
البته کم نیستند کسانی که خانواده پاک و روشن‌ضمیر داشته اما منش و روشی برخلاف تربیت‌های پدر و مادر پیدا کردند که این موضوع در خانواده‌های روحانی و بیت علما مسبوق به سابقه است.
