سرویس تاریخ «انتخاب»: روز دوشنبه ۷ فروردین ۱۳۶۸، آیت‌الله منتظری طی نامه‌ای خطاب به امام خمینی از قائم‌مقامی رهبری استعفا کرد. امام خمینی نیز در پاسخی که فردای آن روز به نامه ایشان نوشتند، موافقت خود را با این استعفا اعلام کردند. آیت‌الله منتظری در استعفانامه خود که عینا در روزنامه اطلاعات مورخ چهارشنبه ۹ فروردین ۶۸ منتشر شد، چنین نوشت:
بسم‌الله الرحمن‌الرحیم
محضر مبارک آیت‌الله العظمی امام خمینی مدظله العالی
پس از سلام و تحیت، مرقومه شریفه مورخه ۶ر۱ر۶۸ واصل شد. ضمن تشکر از ارشادات و راهنمایی‌های حضرتعالی به عرض می‌رساند، مطمئن باشید همان‌طور که از آغاز مبارزه تاکنون در همه مراحل همچون سربازی فداکار و ازخودگذشته و مطیع در کنار حضرتعالی و در مسیر اسلام و انقلاب بوده‌ام، اینک نیز خود را ملزم به اطاعت و اجرای دستورات حضرتعالی می‌دانم. زیرا بقا و ثبات نظام اسلامی مرهون اطاعت از مقام معظم رهبری است. برای هیچ‌کس قابل شک نیست که این انقلاب عظیم تاکنون در سایه رهبری و ارشادات حضرتعالی از خطرات مهمی گذشته. و دشمنان زیادی همچون منافقین کوردل که دست‌شان به خون هزاران نفر از مردم و شخصیت‌های عزیز ما و از جمله فرزند عزیز خود من آغشته است و سایر جناح‌هایی مخالف و ضدانقلاب و سازش‌کار و لیبرال‌مآب‌های کج‌فکر را رسوا و از صحنه خارج نموده است. آیا جنایات هولناک و ضربات ناجوانمردانه این روسیاهان کوردل به انقلاب و کشور و ملت عزیز و فداکار ما فراموش‌شدنی است؟ و اگر بلندگوهای آنان و رادیوهای بیگانه خیال می‌کنند با جوسازی‌ها و نشر اکاذیب و شایعه‌پراکنی‌ها به نام این‌جانب می‌توانند به اهداف شوم خود برسند و در همبستگی ملت ما رخنه کنند، سخت در اشتباه‌اند.
و راجع به تعیین این‌جانب به عنوان قائم‌مقام رهبری، خود من از اول جدا مخالف بودم و با توجه به مشکلات زیاد و سنگینی بار مسئولیت، همان وقت به مجلس خبرگان نوشتم که تعیین این‌جانب به مصلحت نبوده است و اکنون نیز عدم آمادگی خود را صریحا اعلام می‌کنم و از حضرتعالی تقاضا می‌کنم به مجلس خبرگان دستور دهید مصلحت آینده اسلام و انقلاب و کشور را قاطعانه در نظر بگیرند. و به من اجازه فرمایید همچون گذشته یک طلبه کوچک و حقیر در حوزه علمیه به تدریس و فعالیت‌های علمی و خدمت به اسلام و انقلاب، زیر سایه رهبری حکیمانه حضرتعالی اشتغال داشته باشم. و اگر اشتباهات و ضعف‌هایی که لازمه طبیعت انسان است، است، رخ داده باشد ان‌شاءالله با رهبری‌های حضرتعالی مرتفع گردد.
و از همه برادران و خواهران عزیز و علاقه‌مند تقاضا می‌کنم مبادا در مورد تصمیم مقام معظم رهبری و خبرگان محترم به بهانه حمایت از من کاری انجام دهند و یا کلمه‌ای بر زبان جاری نمایند.
زیرا مقام معظم رهبری و خبرگان جز خیر و مصلحت اسلام و انقلاب را نمی‌خواهند. امید است این شاگرد مخلص را همیشه از راهنمایی‌های ارزنده خود بهره‌مند و از دعای خیر فراموش نفرمایید.
والسلام علیکم و رحمه‌الله و برکاته
۷ر۱ر۶۸- حسینعلی منتظری
پاسخ امام: رهبری جمهوری اسلامی تحملی بیش از طاقت شما می‌خواهد
پاسخ امام خمینی به نامه آیت‌الله منتظری به این شرح بود:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
جناب حجت‌الاسلام و المسلیمن آقاق منتظری دامت افاضاته
با سلام و آرزوی موفقیت برای شما
همان‌طور که نوشته‌اید، رهبری نظام جمهوری اسلامی کار مشکل و مسئولیت سنگین و خطیری است که تحملی بیش از طاقت شما می‌خواهد و به همین جهت هم شما و هم من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودیم و در این زمینه هردو مثل هم فکر می‌کردیم. ولی خبرگان به این نتیجه رسیده بودند و من هم نمی‌خواستم در محدوده قانونی آن‌ها دخالت کنم. از این‌که عدم آمادگی خود را برای پست قائم‌مقامی رهبری اعلام کرده‌اید، پس از قبول، صمیمانه از شما تشکر می‌نمایم، همه می‌دانند که شما حاصل عمر من بوده‌اید و من به شما شدیدا علاقه‌مندم. برای این‌که اشتباهات گذشته تکرار نگردد به شما نصیحت می‌کنم که بیت خود را از افراد ناصالح پاک نمایید و از رفت و آمد مخالفین نظام که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی خود را جا می‌زنند، جدا جلوگیری کنید.
من این تذکر را در قضیه مهدی هاشمی هم به شما دادم. من صلاح شما و انقلاب را در این می‌بینم که شما فقیهی باشید که نظام و مردم از نظرات شما استفاده کنند. از پخش دروغ‌های رادیو بیگانه متاثر نباشید، مردم ما شما را خوب می‌شناسند و حیله‌های دشمن را هم خوب درک کرده‌اند که با نسبت هر چیزی به مقامات ایران، کینه خود را به اسلام نشان می‌دهند. طلاب عزیز، ائمه محترم جمعه و جماعات، روزنامه‌ها و رادیو تلویزیون باید برای مردم این قضیه ساده را روشن کنند که در اسلام مصلحت نظام از مسائلی است که مقدم بر هر چیز است و همه باید تابع آن باشیم. جنابعالی ان‌شاءالله با درس و بحث خود حوزه و نظام را گرمی می‌بخشید. والسلم علیکم ۸ر۱ر۶۸ – روح‌الله الموسی الخمینی. (اطلاعات؛ چهارشنبه ۹ فروردین ۶۸)
محمد هاشمی رفسنجانی، می گوید: بعد از عزل آقای منتظری، آقای هاشمی خیلی ناراحت بود امام به آقای هاشمی پیشنهاد داده بودند که خبرگان شما را به‌عنوان قائم مقام معرفی کنند، از امام خواهش می‌کرد که چنین کاری نکنند، یعنی کرارا خواهش کرده بودند که چنین کاری نکنند.
با ۴۰ سال عمر به یاد ندارم در مفتضح ترین خطاها کسی استعفا داده باشد
برکناری محترمانه را استعفا میگویند