سرویس تاریخ «انتخاب»؛ یکشنبه یکم آبان ۱۳۵۶ حاج آقا مصطفی خمینی فرزند ارشد امام خمینی در منزل شخصی خود در نجف اشرف به طرز مشکوکی درگذشت. در مورد این‌که آیا ایشان به مرگ طبیعی از دنیا رفته و یا به شهادت رسیده‌اند روایات مختلفی وجود دارد، معصومه حائری یزدی، همسر ایشان، در مصاحبه‌ای که بعد از انقلاب به مناسبت سالگرد درگذشت مصطفی خمینی با روزنامه کیهان (پنجشنبه یکم آبان ۵۹ ص. ۱۰) انجام داد، گفت که او را مسموم کرده‌اند: «وقتی بالای سرش رسیدم دست‌هایش بنفش بود» اما این قتل مرموز کار چه کسی بود؟ صادق خلخالی در همان شماره کیهان، ساواک را مسئول قتل حاج آقا مصطفی، و مجری آن را «[شیخ رضا] نوغانی» (منبری معروف مشهد) معرفی کرد. روایت صادق خلخالی را در این باره می‌خوانیم:
۱۷ ساله بودم که وارد حوزه علمیه قم شدم. پس از دو سه روز با یک جوانی در حدود ۱۵ ساله آشنا شدم و مقدمه آشنایی این بود که در صف جماعت در مدرسه فیضیه با یک قبای سفید و بی‌عمامه شرکت می‌کرد و کتاب در زیر بغلش بود کم‌کم اسم او را یاد گرفتم و آشنایی ما با ایشان شروع شد. در مجامع درس، پیش اساتید، بازی در رودخانه و خوابیدن در بیتوته در مسجد جمکران (قم) و مسافرت‌های طولانی شبانه اصفهان، مشهد، تبریز، تهران و شیراز و جاهای دیگر تار و پود زندگی علمی و عملی و مبارزاتی ما را تشکیل داده تا این‌که از همان اوایل «سیوطی»، «مغنی»، «؟»، «مطول»، «لمعه»، «رسائل» و «مکاسب» و «کفایه» را با هم خواندیم و مباحثه کردیم و در درس مرحوم آیت‌الله حجت و آیت‌الله بروجردی و آیات دیگر من‌جمله درس امام به مدت ۱۲ سال قبل از آن‌که به «بورسا» تبعیدش کنند، شرکت نمودیم.
در زندگی همیشه با صفا و صمیمی و رک‌گو و صریح و بی‌غل و غش بود. در بعضی شب‌ها نماز شب می‌خواند و گریه در راه خدا را سر می‌داد. به وسیله پلیس ساواک چندین مرتبه بازداشت و کار او به قزل‌قلعه کشید که پس از دو ماه مرخصی از قزل‌قلعه به قم آمد و گذرنامه تبعیدش را به دست او دادند و به زور و اجبار از قم توقیف و در فرودگاه مهرآباد داخل هواپیمایش کردند و یک‌سره به انگوریه (آنکارا) بردند و از آنکار پیش امام. مدت تبعید را در خدمت امام بود که با ایشان به بغداد وارد و بقیه عمر باعزت و عظمت خویش را در خدمت امام سپری کرد. ما آن وقت مطمئن بودیم که این سید جلیل‌القدر در خدمت امام است و در بعضی از امور مشاور و مصلحت‌اندیش [یک واژه ناخوانا] امام. و لذا همیشه خاطرجمع بودیم که افراد منافق و وسوسه‌جو و احیانا دو‌به‌‌هم‌انداز و خائن نمی‌توانند در آن بیت رسوخ کرده و موقعیت و جاه و جلالی کسب کنند. در تمام زمینه‌های مبارزاتی چه در ایران و چه در نجف همیشه قاطع و غیر قابل انعطاف بود و در تمام مراحل موید امام.
ساواک دژخیم تشخیص داد برای خاموش کردن آتش انقلاب باید بزرگ‌ترین ضربه را بر امام امت بزند و چندین مرتبه خود امام، حاج آقا مصطفی و آقای حاج احمد آقا را تهدید به قتل کرده بود ولی هیچ‌یک از این اشخاص به این حرف‌ها گوش فرا نمی‌دادند چون حاضر بودند که در راه خدا و در راه دین شهید بشوند تا این‌که به بهانه بردن سنگ مرمر و فرش حرم مطهر حضرت امیر، عده‌ای اوباش و چاقوکش و مامورین آدم‌کش حرفه‌ای در لباس روحانیت و غیر آن من‌جمله «نوغانی» از مشهد حرکت کردند و به نجف وارد شدند و در همان روزها و در یکی از همان شب‌ها وقتی که صبح می‌شود می‌بینند که جنازه این شهید در پشت رختخواب افتاده و جانش را در راه خدا داده است. همین امر موجب شعله و طوفان بزرگی در سراسر ایران شد تا جایی که رژیم منحوس پس از جان کندن زیاد به زباله‌دان تاریخ سقوط کرد. امام درباره شهادت فرزندش فرمود که: «این یکی از الطاف خفیه الهیه می‌باشد» و حقا همان‌طور بود. من ندیده‌ام امام درباره مرگ این فرزند شبیه علی‌اکبر حسین گریه سر داده باشد و به مادرش مکرر توصیه فرمودند که «برای مصطفی گریه نکن.» چون می‌خواست ثواب‌شان در دادگاه خدا زیاد بشود به همان مناسبت امام گریه نکرد ولی همه ملت ایران گریه کردند و همین گریه‌ها سیل خروشان بنیان‌کن ظلم و ستم بود و بعدها با دلایل محکم دستگیر شد که یکی از عوامل بزرگ کشتن این شهید اسلام دستگاه تبهکار دولت عراق و صدام حسین بودند که به زودی مانند جنایتکاران ایران باید در پشت میز محاکمه قرار بگیرد و جرایم خود را بگوید و جزای عمل ننگین خود را بکشند. عوامل زیادی در منطقه از روحانی‌نماها وجود داشته‌اند که مرگ ایشان را برای خود پیروزی به حساب می‌آوردند.
این‌ها از این جریان خیلی خوش‌حال می‌کردند و تلفن تبریک و خوش‌حالی به هم‌دیگر می‌نمودند و خیال می‌کردند پس از مرگ حاج آقا مصطفی، لولهنگ آن‌ها می‌تواند آب بگیرد و حال آن‌که مردم عراق و ایران خود می‌دانستند و می‌دانند این چاپلوسان و خیانت‌کاران هیچ‌گاه در پیش ملت ایران ارج و احترامی ندارند.
آن‌هایی که مرگ را و شهادت دیگران را برای خود پیروزی فرض می‌کنند و موانع را از سر راه خود برداشته می‌بینند حالا هم سخت در اشتباه‌اند. و در پیش‌گاه خداوند منان و ملت بزرگ ایران و ملت قهرمان عراق خون شهدای اسلام من‌جمله خون شهید بزرگوار آیت‌الله عالی‌مقام خادم اسلام حاج آقا مصطفی خمینی هیچ‌گاه به فراموشی کشیده نخواهد شد. این خون‌ها مانند خون یحیی و خون جعفر و حمزه و ابوعبیده و حضرت سیدالشهدا و ابوالفضل ابن عباس و علی‌اکبر و سایر شهدای دشت کربلا و همه شهدای قبل از انقلاب و پس از انقلاب مانند سیل خروشان وجودشان می‌توفد و همه زباله‌های «سیا» و صهیونیست بین‌الملل و امپریالیزم جهان‌خوار و سگ‌های زنجیری آن‌ها مانند صدام حسین و انور السادات و مناخیم بگین و حسن و حسین را به زباله‌دان تاریخ جهنمی فرو می‌برد. دنیا از این تبهکاری‌های زیاد دیده ما در این برهه از زمان احتیاج به قضاوت تاریخ در آینده نداریم و حالا هم قضاوت ملل آزاده جهان شاهد حقانیت ماست. امروزه صدام حسین با دستور مستقیم کارتر همه مرزهای ما را تهدید می‌کند و می‌خواهد خوزستان را به خاک خودش که خاک او نیست ملحق نماید ولی در آینده خواهد دید و جزای عمل ننگین خودش را خواهد چشید. [...].
... چطور ممکن بود پدرم که تا دیشب صحیح و سالم بوده و در کمال سلامت به خواب رفته حالا مرده باشد؟ او که ناراحتی و بیماری نداشت؟... لحظاتی بعد، پزشکان اطلاع دادند که پدرم بر اثر مسمومیت شدید فوت شده است. برای تشکیل پرونده و تحقیق کافی در مورد مرگ پدرم احتیاج به کالبدشکافی به وسیله پزشکان قانونی بود، ولی امام اجازه ندادند و گفتند که در دین اسلام، کالبدشکافی حرام است... من شخصا عقیده دارم که پدرم شهید شده است... به دست عمال ساواک و از طریق مسموم کردن... امام نظرشان این بود که، چون شهود عینی قطعی در این مورد وجود ندارند باید رعایت احتیاط را در کلام کرد و از این رو مرگ فرزندشان را «مشکوک» توصیف کردند... / [در راه‌پیمایی‌ها شرکت می‌کردید؟]نه، ولی ناظر بودم... در ایران، ملت ما مسلمان است و از نظر دینی تابع مراجع تقلید خود هستند و مراجع آن‌ها هم مسلما موسیقی را حرام می‌دانند و به همین دلیل موسیقی که مردم ایران با آن مخالف‌اند نباید در جامعه ما به طور رسمی منتشر شود.
