منطقه آزاد ارس در استان آذربایجان شرقی و شمال غرب ایران واقع شده است. شهر جلفا به عنوان مرکز این منطقه است که در حاشیه رود ارس قرار دارد. این منطقه بین دو منطقه‌ی محافظت شده‌ی کیامکی و ارسباران واقع شده است. آب و هوای این منطقه در ۶ ماهه دوم سال نسبتا سرد و در ۶ ماهه نخست سال معتدل و گرم است. مجموع محدوده منطقه آزاد ارس شامل بخش‌هایی از سه منطقه جلفا، کلیبر و خدا آفرین می‌شود.