حذف دادسرا از وقایعی بود که مشاوران آیت‌الله یزدی او را وادار به این کار کردند و تشکیل دادگاه‌های عمومی و انقلاب بستر پرونده‌سازی‌ها را برای مرتضوی فراهم کرد. او هم قاضی شد، هم بازجو، هم دادستان و هم مهم‌تر از همه شاکی! کشوی میز مرتضوی پر بود از تک‌نویسی‌هایی که از این و آن علیه دیگران گرفته بود. بهار مطبوعات در دوره دولت اصلاحات را مرتضوی، به خزان تبدیل کرد.
به گزارش انتخاب؛ نعمت احمدی، حقوق‌دان در روزنامه شرق نوشت: «مردم عادی نخستین بار در صفحه تلویزیون با چهره جوانی با لهجه یزدی آشنا شدند که اهالی مطبوعات و رسانه‌ها را به محاکمه می‌نشست. روزهای اول لهجه دلچسب یزدی بیشتر جاذبه داشت تا عملکرد قاضی جوانی که بر بلندای میز دادگاه علنی مطبوعات حکمفرمایی می‌کرد. هنوز چند جلسه از محاکمات این جوان تازه به منصب رسیده در عرصه قضاوت نگذشته بود که عملکرد او در جامعه حقوقی و سپس محافل خانوادگی مورد نقد قرار گرفت. او تصمیم‌گیر آن چه می‌خواست بود؛ حتی اگر قانونی در آن زمینه وجود نداشت. او به روش‌های مختلف مبدع عدم پذیرش وکلا در پرونده‌ها قبل از تصویب تبصره ذیل ماده ٤٨ قانون آیین دادرسی کیفری بود. برای نمونه این طور وانمود می‌کرد که این وکیل خود پرونده دارد و در مواردی اصلا اجازه خواندن پرونده به وکیل یا اجازه ملاقات با موکل و تنظیم وکالت‌نامه را درباره موکلان زندانی نمی‌داد. حذف دادسرا از وقایعی بود که مشاوران آیت‌الله یزدی او را وادار به این کار کردند و تشکیل دادگاه‌های عمومی و انقلاب بستر پرونده‌سازی‌ها را برای مرتضوی فراهم کرد. او هم قاضی شد، هم بازجو، هم دادستان و هم مهم‌تر از همه شاکی! کشوی میز مرتضوی پر بود از تک‌نویسی‌هایی که از این و آن علیه دیگران گرفته بود. بهار مطبوعات در دوره دولت اصلاحات را مرتضوی، به خزان تبدیل کرد. مجموعه‌ای تشکیل داد که مشغول بولتن‌نویسی بودند؛ بولتن‌هایی که جای شکایت و کیفرخواست را می‌گرفت، فراموش نمی‌کنم. در طبقه سوم یا چهارم مجتمع صدر در خیابان میرعماد، اتاقی را به چند نفر پرسنلی که بولتن‌ساز روزنامه‌ها بودند، اختصاص داده بود و خط‌به‌خط روزنامه‌ها را خوانده و مطالب مورد نظر آقای مرتضوی را دسته‌بندی می‌کردند. دفاع و پاسخ برای او معنا و مفهومی نداشت. اگر نبود حضور مرحوم حبیب‌الله عسگراولادی که شیخ اعضای هیات‌منصفه بود، برخوردهای آقای مرتضوی تند و تندتر می‌شد. قاضی جوان در حین قضاوت چشم به آینده داشت و فوق لیسانس و دکترای خود را هم اخذ کرد. معلوم نیست با آن همه مشغله وقت و فرصت حضور در کلاس درس را داشت؟ مدعی بود در روزهای منتهی به حوادث کهریزک در سال ٨٨ که باعث محکومیت دوساله او شد، مشغول دفاع از رساله دکترای خود بود؛ ادعایی که با شغل حساس دادستانی تهران در اوج حوادث تهران به واقعیت نزدیک نبود. به عنوان یک مدرس دانشگاه، علاقه‌مند هستم بدانم استادان راهنمای پایان‌نامه فوق‌لیسانس و رساله دکترای او چه کسانی بودند که با اغماض به عملکرد علمی او نگاه کردند و اجازه دفاع به او دادند.
از بدایع و بدعت‌های مرتضوی سوءاستفاده از قوانین بود. یکی از قوانین مورد سوءاستفاده، قانون اقدامات تأمینی مصوب ١٢ اردیبهشت ١٣٣٩ است. برابر ماده یک این قانون – اقدامات تأمینی عبارت‌اند از تدابیری که دادگاه برای جلوگیری از تکرار جرم (جنحه و جنایت) درباره مجرمین خطرناک اتخاذ می‌کند. مجرمین خطرناک کسانی هستند که سوابق و خصوصیات روحی و اخلاقی آنان و کیفیت ارتکاب جرم ارتکابی آنان را در مظان ارتکاب جرم در آینده قرار می‌دهد. صدور حکم اقدامات تأمینی از طرف دادگاه وقتی جایز است که کسی مرتکب جرم شده باشد. قانون‌گذار دایره شمول این قانون را در ماده یک ناظر به مجرمین خطرناک دانسته که برای جلوگیری از تکرار جرم آنان اقداماتی را لحاظ کرده است. تسری این قانون به اهالی مطبوعات از وقایع عجیب دوره تصدی مرتضوی بر دادگاه مطبوعات است که اهالی مطبوعات را در ردیف مجرمین خطرناک که به تکرار جرم عادت کرده‌‌اند، قلمداد کرد. مهم‌تر این که تحریریه روزنامه‌ها را مشمول مواد ١٢ و ١٣ قانون اقدامات تربیتی قرار داد که بتواند با تکیه بر این قانون، دفتر روزنامه را مهروموم کند.
اقدامات مورد نظر در مواد ١٢ و ١٣ به شرح زیر است: ماده ١٢- اقدامات تأمینی مالی و سایر اقدامات تأمینی عبارت‌اند از: ضبط اشیاء خطرناک/ ضمانت احتیاطی/ بستن مؤسسه (محملی که آقای مرتضوی با آن دفتر روزنامه‌ها را مهروموم کرد.)
محرومیت از حق ابوت و قیمومت و نظارت
انتشار حکم
ماده ١٣- اشیائی که آلت ارتکاب جرمی بوده یا این که در نتیجه جرم حاصل شده باشد در صورتی که وجود آنها موجب تشویش اذهان یا مخل نظم عمومی یا آسایش مردم شده باشد برحسب تقاضای دادستان و حکم دادگاه جنحه دستور ضبط آنها صادر می‌شود ولو آن که هیچ کس را نتوان تعقیب یا محکوم نمود دادگاه حق دارد دستور دهد اشیاء ضبط شده را از دسترس عموم خارج کرده یا آنها را نابود نمایند.
وقتی برای نخستین بار در پرونده محاکماتی آقای شمس‌الواعظین که بعد از بازداشت آقای شمس، دستور مهروموم دفتر روزنامه را داد، با بهت و حیرت با این استدلال روبه‌رو شدم که مستند به ماده ١٢ و ١٣ قانون اقدامات تأمینی و تربیتی اجازه مهروموم دفتر روزنامه را دارد، استدلال نگارنده و دیگر وکلای آقای شمس‌الواعظین خطاب به مرتضوی این بود که شما صدر ماده را بخوان و به مشروح مذاکرات تصویب این قانون در سال ١٣٣٩ نگاه کن؛ این قانون با صراحت مربوط است به مجرمین خطرناکی که بعد از مجازات‌های اولیه مجددا با تکرار جرم موجبات تعقیب خود را فراهم می‌آورند. استناد به این قانون، آن هم برای اهالی مطبوعات توهین به این قشر فرهیخته است. به صراحت ماده ٥ قانون را برای آقای مرتضوی شرح دادم که مقرر می‌دارد: «هر گاه کسی به علت ارتکاب جنایت یا جنحه عمدی که به موجب قانون حبس برای آن پیش‌بینی شده است، دو مرتبه یا بیشتر محکوم به حبس بیش از دو ماه شده و بعد از اجرای مجازات مرتکب جرمی شود که مستلزم مجازات حبس است و از این رو دادگاه تشخیص دهد که مشارالیه دارای حالت خطرناک بوده و تمایل به ارتکاب جرم داشته یا از راه قوادی یا فحشا یا نظایر آن امرار معاش می‌نماید مجرم به عادت محسوب و دادگاه می‌تواند حکم نگاهداری او را در تبعیدگاه برای مدت نامعینی صادر کند.»
اجازه قرائت ماده قانونی را نمی‌داد و مدعی بود تنها به استناد ماده ١٢ که مجوز بستن مؤسسات را داده دفتر روزنامه را مهروموم می‌کند. این خطرناک‌ترین سوءاستفاده از قانونی بود که برای دایرکنندگان مراکز فساد و فحشا و مجرمان به عادت و خطرناک تصویب شده بود و آقای مرتضوی آن را به اهالی رسانه و مطبوعات تسری داد.
یکی دیگر از سوء‌استفاده‌های آقای مرتضوی از قانون این بود که قبل از اصلاحیه قانون مطبوعات - قانونی که تهیه‌کننده آن شخص خودش بود و تنها مدیرمسئول را در حمایت قانون مطبوعات با حضور هیات‌منصفه می‌داند - عملا اهالی مطبوعات را مشمول قانون مطبوعات نمی‌دانست. محاکمه آقای شمس‌الواعظین، سردبیر روزنامه‌های جامعه، طوس و عصر آزادگان جزء اولین محاکماتی بود که با تفسیر آقای مرتضوی از قانون مطبوعات و این که تنها مدیرمسئول است که باید با حضور هیات‌منصفه محاکمه شود، انجام شد.
سال‌های حضور آقای مرتضوی در شعبه ١٤١٠ دادگاه مطبوعات قصه پرغصه‌ای است که اکثر فعالان سیاسی و مطبوعاتی در آن سال‌ها به یاد دارند. نگارنده وکالت ده‌ها پرونده را در شعبه ١٤١٠ به ریاست مرتضوی بر عهده داشتم و سرانجام توسط وی با پرونده‌سازی از نوع دیگر روانه زندان شدم. جالب است اتهام من اخذ حق‌الوکاله زیاد در پرونده یکی از موکلانم بود که هیچ ارتباطی به دادگاه کارکنان دولت و اصولا دادگستری نداشت. به فرض که حق‌الوکاله مازاد بر تعرفه اخذ شود، توافقی است بین وکیل و موکل و در نهایت باید مالیات متعلقه پرداخت شود اما با قرار ٦٠میلیونی روانه زندان شدم و یکی از منسوبان هم که سند ارائه کرد او را تهدید کرد که تو را هم بازداشت می‌کنم؛ به چه علت می‌خواهی برای متهم شعبه من سند بگذاری؟
روزی که روانه زندان شدم به او گفتم: «جناب مرتضوی سرانجام با این عملکردت روزی به محاکمه کشیده خواهی شد و من این قدر مردانگی دارم که وکالت شما را مجانا بر عهده بگیرم.» با خنده گفت: من... در جواب گفتم: «همین - من گفتن - آغازی است بر سقوط تو... .»
یک روز با تشر به من گفت: شما قصد سیاه‌نمایی دارید؛ چرا عکس هل دادن ماشین زندان به وسیله خودت و آقای شمس را در صفحه اول روزنامه چاپ کردی که آبروی نظام قضایی برود؟
قصه از این قرار بود: در پایان جلسه‌ای که منجر به بازداشت آقای شمس شد و آقای سیدمحمد سیف‌زاده از وکلای پرونده را هم به اتهام بر هم زدن نظم جلسه روانه زندان کرد، ساعت‌ها از وقت اداری گذشته بود و هنوز دادگاه مطبوعات در مجتمع شهید بهشتی مستقر بود. ماشین پیکان زندان در محوطه مجتمع شهید بهشتی پارک شده بود. آقای سیف‌زاده به داخل ماشین هدایت شد و من به اتفاق آقای شمس کنار ماشین بودیم که ماشین روشن نشد و نیاز به هل دادن داشت. من و آقای شمس ماشین زندان را هل دادیم تا روشن شد و عکاس روزنامه این صحنه را صید کرد و فردای آن روز عکس هل دادن ماشین به وسیله متهم زندانی و وکیل زندانی در روزنامه‌ها و رسانه‌های دیگر چاپ شد. عکسی که در روزنامه‌های منطقه هم چاپ شد و همین مطلب باعث شد که مرتضوی ما را متهم به سیاه‌نمایی علیه قوه قضائیه کند. در پاسخ آقای مرتضوی گفتم: شما باید خجالت بکشید که ماشین معیوب را برای بردن دو زندانی شناخته شده آورده‌اید. آقای گنجی که در آن تاریخ زندانی بود، از آمدن به دادگاه و پوشیدن لباس زندانی خودداری می‌کرد در همین زمان آقای نبوی هم زندان بود و باید برای محاکمه به دادگاه می‌آمد...
مرتضوی به زندان رفت و آقای نبوی را ترغیب کرد که با لباس زندانی به دادگاه بیاید. من وکالت آقای نبوی را بر عهده داشتم و ایشان در زندان کت و شلواری زیبا از پارچه لباس‌های زندان دوخته بود با دستمال گردنی از جنس لباس زندان، با هیتتی پسندیده. در پاسخ این که شما مسئله‌ای با لباس زندان ندارید با طنزی گزنده گفت: «این لباس فقط برازنده من است. لباس همه را تن من بکنید، به تن گنجی و دیگران نکنید؛ لایق این لباس نیستند.»
ورود مرتضوی به دولت احمدی‌نژاد و تصدی پست ریاست صندوق تأمین اجتماعی که حکایت پر غصه دیگری است، او را به تقابل با دستگاه قضائی که نام و آوازه‌اش از آن بود، کشاند. او که سال‌ها علیه این و آن پرونده‌سازی کرده بود و با دخالت در امور خانواده زندانیان تلخی‌های فراوانی به وجود آورد، در بزرگ‌ترین پرونده‌سازی عمر خود در اتاق خود و طراحی صحنه‌ای که احمدی‌نژاد در یکشنبه معروف سیاه مجلس فیلم آن را نشان داد، فیلمی که صدای آن گویا نبود اما احمدی‌نژاد در نقش دوبلور آخرین تابوشکنی خود را انجام داد. مردی که سال‌ها علیه مطبوعات پرونده‌سازی کرده بود و به گفته آقای دکتر محسن روح‌الامینی از کسی حتی خدا هم نمی‌ترسید، از مطبوعات ترسید و به گفته آقای روح‌الامینی این مطبوعات بودند که با افشاگری خود بعد از چندین سال موفق شدند بعد از معلق شدن مرتضوی موجبات انفصال دائم او را از خدمات قضایی و دولتی فراهم آورند و با پایمردی دکتر روح‌الامینی روانه زندانش کنند.»