وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در بیانیه ای به نامه هشدار ۱۲ هزار عضو هیات علمی نسبت به افت علمی کشور واکنش نشان داد.
در این بیانیه آمده است: «وزارت علوم، تحقیقات و فناوری همانطور که بارها اعلام کرده است، بنا ندارد با ورود به مسائلی که رنگ و بوی سیاسی و حزبی و جناحی دارد، به آتشی که عده‌ای درصدد برافروختن آن هستند، بدمد؛ اما آنجا که احتمال تشویش اذهان عمومی وجود دارد، روشنگری را حق خود دانسته و به خاطر آرامش کسانی که دلبسته این آب و خاک هستند و به توسعه عملی ایران می‌اندیشند و به آن می‌بالند، نکاتی را یادآور شد.»
وزارت علوم در ادامه این بیانیه یادآور شده است: «بر اساس آماری که بارها و بارها ارائه و اعلام شده و بر اساس آخرین مستندات مهم ترین پایگاه های استنادي علم دنیا، نه تنها هیچ افت علمی در سال های اخیر در کشور وجود نداشته، بلکه در مواردی، شاهد رشد شگفت‌انگیزی نیز بوده‌ایم.»
در بخش دیگری از این بیانیه آمده است: «رشد ۹ برابری شرکت‌های دانش بنیان، اعلام اسامی ۱۳ دانشگاه ایران در فهرست یک درصد دانشگاه های برتر و تأثیر گذار دنیا (در حالی كه قبل از سال ۲۰۱۳، هیچ دانشگاه ایرانی در این فهرست نبوده است)، اعلام اسامی ۱۷۳ دانشمند ایرانی در بین یک درصد دانشمندان برتر دنیا در سال ۲۰۱۵ و کسب رتبه سوم در جهان در تولید علم شیمی و رتبه هفتم در تولید علم در رشته نانو تکنولوژی و ... دلایلی بر این مدعاست.»
وزارت علوم در این بیانیه خاطرنشان کرده است: «خوشحالیم که نویسندگان نامه توان علمی، سیاسی، دفاعی و امنیتی ایران را که قاعدتاً خاستگاهی جز دانشگاه‌ها، پژوهشگاه‌ها و مراکز فناوری کشور نمی‌تواند داشته باشد، ستوده‌اند ولی با کمال تعجب شاهدیم که در ادامه خواهان رفع توقف پیشرفت علمی کشور شده‌اند.»
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در این بیانیه ابراز امیدواری کرده است: «همان طور که در متن نامه نیز آمده است در سال همدلی و همزبانی دولت و ملت، جامعه علمی کشور، اطاعت از قانون را منش خود قرار داده و با تأکید بر وحدت اسلامی حول محور ولایت فقیه در جهت تحقق اهداف سند چشم-انداز ۱۴۰۴ بکوشند.»