خيبر، منطقه اي است وسيع و حاصلخيز در ۳۲ فرسنگي شمال مدينه منوره و در عصر رسول خدا (ص) اين ناحيه در اختيار يهوديان قرار داشت و تعداد جمعيت آنان در حدود ۲۰۰۰۰ نفر تخمين زده مي‌شد كه از ميان آنان، دو هزار نفر جنگ آور و مبارز بوده و مردان دلاور و رزمجويي چون «مرحب خيبري» در ميان آنان به چشم مي‌خوردند.
يهوديان خيبر با پناه دادن به يهوديان فتنه جوي مدينه و همكاري و همدستي با ساير دشمنان اسلام، خطري براي مسلمانان بودند. بدين جهت، پيامبر اكرم (ص) پس از بازگشت از سفر حديبيه و انعقاد صلح با مشركان قريش و كسب اطمينان از سوي آن ها، متوجه يهوديان ساكن خيبر گرديد و با هزار و چهارصد و به روايتي با هزار و ششصد رزمنده مسلمان عازم خيبر شد.
قابل ذكر است خيبر هفت قلعه داشت كه نامهاى آنها عبارتند از: ناعم قموص كتيبه شِقّ نطاة وَطيح سُلالم. يهوديان براي حفاظت و كنترل خارج دژها، در كنار هر دژي، برج مراقبت ساخته و با گماشتن نگهباناني در آن، جريان خارج دژ را به داخل گزارش مي‌كردند.
ساختمان برج‌ها و دژها طوري ساخته شده بود، كه ساكنان آن بر بيرون قلعه، تسلط كامل داشتند و با ايجاد منجنيق و ابزارهاي ديگر مي‌توانستند مهاجمان را سنگباران كنند. برخي از دژها در تهاجم‌هاي آغازين سپاه اسلام گشوده شدند ولي برخي ديگر از جمله قلعه قموص به سبب وجود مدافعان دلير و استحكام دژها، نفوذ ناپذير بودند و مدتي در محاصره سپاه اسلام قرار داشتند، درد شقيقه پيغمبر (صلى الله عليه وآله) را فرا گرفت لذا نتوانست در ميدان حاضر شود.
پيامبر (ص) براي نشان دادن مقام و موقعيت حضرت علي (ع) نزد خداوند متعال و اثبات جانشيني حضرت بعد از خودش و رد غاصبان خلافت، روز اول ابوبكر و روز دوم عمر را به قصد باز كردن قلعه‌ها فرستاد اما هر دوي آنها بدون فتح باز گشتند.
در يكي از روزها، «ابوبكر» مامور فتح گرديد و با پرچم سفيد تا لب دژ آمد. مسلمانان نيز به فرماندهي او حركت كردند، ولي پس از مدتي بدون نتيجه بازگشتند و فرمانده و سپاه هر كدام گناه را به گردن يكديگر انداخته و همديگر را به فرار متهم نمودند. روز ديگر فرماندهي لشكر به عهده «عمر» واگذار شد. او نيز داستان دوست خود را تكرار نمود و بنا به نقل طبري، پس از بازگشت از صحنه نبرد، با توصيف دلاوري و شجاعت فوق العاده رئيس دژ «مرحب»، ياران پيامبر را مرعوب مي‌ساخت.
اين وضع، پيامبر و سرداران اسلام را سخت ناراحت كرده بود. در اين لحظات پيامبر، افسران و دلاوران ارتش را گرد آورد، و فرمود: «لاعطين الراية غدا رجلا يحب الله و رسوله و يحبه الله و رسوله يفتح الله علي يديه ليس بفرار»: اين پرچم را فردا به دست كسي مي‌دهم كه خدا و پيامبر را دوست دارد و خدا و پيامبر او را دوست مي‌دارند و خداوند اين دژ را به دست او مي‌گشايد. او مردي است كه هرگز پشت به دشمن نكرده و از صحنه نبرد فرار نمي‌كند و بنا به نقل طبرسي و حلبي چنين فرمود: كرار غير فرار، يعني به سوي دشمن حمله كرده، و هرگز فرار نمي‌كند.
هر يك از مسلمانان آرزو مي‌كرد كه اي كاش اين كس خود او باشد! زيرا مي‌دانستند كه حضرت امام علي عليه السلام به درد چشم مبتلاست. اما فردا پيامبر (ص) صدا زدند: علي كجاست؟ حضرت امام علي عليه السلام آمدند در حالي كه چشمانشان را از شدت درد بسته بودند. پيامبر بر چشمانش دست كشيد و خداوند درد آنها را برطرف كرد. سپس پيامبر (صلى الله عليه وآله) پرچم را به دست حضرت على (عليه السلام) داد.
حضرت على (عليه السلام) نزديك حصار قموص رفت و مرحب را با ضربه اي صاعقه وار از پاي درآورد. ضربت آن حضرت، كلاهخود مرحب را شكافت و تا دندانهايش فرو رفت و عنتر و مُرّه و ياسر و غيرهم را به قتل رسانيد و ديگر يهوديان دروازه قموص را بستند و به آنجا پناهنده شدند.
دروازه قموص به قدري سنگين بود كه بنابر نقل روايات چهل مرد قوي لازم بود تا دروازه را باز يا بسته كنند، حضرت على (عليه السلام) آن در آهنين را با يك دست از جا بركند و براى خود سپر قرار داد و جنگ نمود؛ اين يكي از نشانه‌هاي پيروزي الهي بود كه به دست اميرمومنان علي عليه السلام تجلي يافت. سپس آن را بر روى خندق پلى قرار داد، و لشكر از آن عبور كرد، بعدها حضرت فرمودند: «والله ما قلعت باب خيبر بقوة جسمانية بل قلعتها بقوة ملكوتيه» يعني: «به خدا سوگند من در خيبر را با نيروي بدني خود از جاي نكندم بلكه آن را به نيروي خداوندي از جاي بركندم.»
پيامبر (صلى الله عليه وآله) وقتى كه پس از جنگ خيبر به نواحى خيبر رسيد، حضرت على (عليه السلام) را نزد يهوديان خيبرى فرستاد. خداوند در دل ساكنان قريه فدك رعبى افكند و آنها به قصد امان يافتن فدك را به پيامبر (صلى الله عليه وآله) تسليم كردند.
جبرئيل نازل شد و گفت: خداوند مى فرمايد: حق ذوى القربى را بده. حضرت فرمود: خويشان من كيانند؟ و حق آنها چيست؟ عرض كرد: فاطمه، پس بستانهاى فدك را به او بده. پيامبر اكرم (صلى الله عليه وآله) فاطمه (عليها السلام) را نزد خود خواند و نامه اى نوشت كه فاطمه (عليها السلام) نامه را پس از رحلت پيامبر (صلى الله عليه وآله) به ابوبكر نشان داد و فرمود: اين نامه رسول خدا (صلى الله عليه وآله) راجع به من و فرزندانم است. ولى پس از رحلت حضرت رسول (ص) ابوبكر آن را از آنها گرفت.
درباره وقوع اين جنگ ظفرمند به رهبري پيامبر اكرم (ص)، اتفاق چنداني ميان مورخان و سيره نويسان نيست. زيرا برخي از آنان پانزدهم محرم، برخي اواخر محرم، برخي ماه صفر، برخي اول ربيع الاول، برخي جمادي الاولي و برخي نيز ۲۴ رجب سال هفتم قمري را روز پيروزي مسلمانان مي‌دانند.