اکنون در قم مشغول تدریس دروس حوزوی است. او دیپلم ریاضی و فیزیک را
در دبیرستان نیکان گرفت و بعد از آن تحصیلات حوزوی‌اش را شروع کرد. در بخش
تحصیلات دانشگاهی نیز او رشته مهندسی برق را در دانشگاه صنعتی شریف خواند و
کارشناسی‌ارشد فلسفه را در دانشگاه ادبیات دانشگاه تهران. اما برای دکترا
راهی کانادا شد تا دکترای فلسفه دین را از دانشگاه تورنتوی کانادا در
کارنامه تحصیلی خود ثبت کند.محمد مطهری، آن‌طور که برادرش علی مطهری گفته،
بیش از دیگر اعضای خانواده به شهیدمطهری شباهت دارد.
همچون مادرش چندان اهل
ورود به سیاست نیست اما از او تاکنون یکی، دو یادداشت در مورد مسایل سیاسی
در سایت تابناک، منتشر شده است. 13 یادداشتش در تابناک از 30 فروردین 87
تا 20 آبان 87 با استقبال زیادی از سوی مخاطبان مواجه شد اما این روزها
چندان تمایلی به نگارش یادداشت‌های تازه ندارد، مگر اینکه ضرورتی اتفاق
افتد، چنانچه بعد از حوادث 88 در یادداشتی از برخی رفتارها انتقاد کرد و از
مسوولان خواست تا نسبت به دفاع از حقوق مظلوم پیش‌قدم باشند.
انگیزه‌اش از
روحانی شدن این بوده که بتواند با نسل جوان رابطه بهتری برقرار کند.
همزمان با دوره لیسانس نیمی از وقت خود را به دروس حوزه اختصاص داد. یک‌بار
هم بنا را بر این گذاشته بود تا به دلیل احساس اتلاف وقت، مهندسی را
نیمه‌کاره رها کند که به گفته خودش شهیدمطهری در یک خواب واضح با استدلال
او را به اتمام رشته مهندسی تشویق می‌کند.در همان یادداشت به نامه استمداد
خانواده دکتر زهرا بنی‌یعقوب اشاره دارد. خانم پزشک جوان (دختر یک پاسدار و
از زندانیان سیاسی قبل از انقلاب) که در پارکی در همدان دستگیر شده و دو
روز بعد در بازداشتگاه جان داد.
حتی اگر نصف آن نامه هم راست باشد، واقعا
وای به حال ما، و به فریادهای شهیدمطهری در آخرین روزهای حیات در پای تلفن
خطاب به دادستان وقت انقلاب هنوز اشاره می‌کند که مبادا در جریان تعیین
مجازات مقامات رژیم طاغوت ظلمی صورت گیرد.