شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۷۴ در مورد دانش آموختگان حوزه علمیه قم ضوابطی را به شرح زیر تصویب کرد
1- طلاب و فضلاء حوزه علمیه که بر اساس مدرک صادره شده مدیریت حوزه علمیه قم دوره
سطح یک را طبق برنامه پیوست گذارنده‌اند، از کلیه‌مزایای علمی و استخدامی فارغ‌التحصیلان دوره کاردانی دانشگاه‌ها برخوردار خواهند بود.
2- طلاب و فضلاء حوزه علمیه که بر اساس مدرک صادر شده مدیریت حوزه علمیه قم دوره سطح دور را طبق برنامه پیوست گذرانده‌اند، از کلیه‌مزایای علمی و استخدامی فارغ‌التحصیلان دوره کارشناسی دانشگاه‌ها برخوردار خواهند بود.
3- طلاب و فضلاء حوزه علمیه که بر اساس مدرک صادر شده مدیریت حوزه علمیه قم دوره سطح سه را طبق برنامه پیوست گذارنده‌اند، از کلیه مزایای‌علمی و استخدامی فارغ‌التحصیلان دوره کارشناسی ارشد دانشگاه‌ها برخوردار خواهند بود.
4-طلاب و فضلاء حوزه علمیه که بر اساس مدرک صادر شده مدیریت حوزه علمیه قم دوره سطح چهار را طبق برنامه پیوست در یکی از رشته‌های‌فقه و اصول، تفسیر و علوم قرآن، قضا، عقاید و کلام، ادیان و مذاهب و تربیت مبلغ گذارنده‌اند، از کلیه مزایای علمی و استخدامی فارغ‌التحصیلان دوره‌دکتری دانشگاه‌ها برخوردار خواهند بود.
مجلس نیز در سال ۸۸ طی ماده واحده مصوب نمود که استفاده از عناوین علمی دکتر، مهندس و مانند اینها که شرایط اخذ آن مطابق قوانین و مقررات مربوط تعیین می‌گردد توسط هر فرد برای خود مستلزم داشتن مدرک معتبر از مراکز علمی و دانشگاهی داخلی و یا خارجی مورد تأیید رسمی وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری یا بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و شورای عالی انقلاب فرهنگی می‌باشد. مرتکبین استفاده غیر مجاز از عناوین علمی مذکور به مجازات ماده (556) فصل هشتم کتاب پنجم قانون مجازات اسلامی محکوم خواهندشد.
بدنبال مصوبه مجلس این سوال برای دانشگاههای کشور پیش آمد که آیا اطلاق عنوان دکتر برای دارندگان سطح چهار حوزه مشمول ممنوعیت استفاده از عناوین دکتری می شود یا خیر؟
در همین زمینه وزارت علوم طی بخشنامه ای اعلام کرد “برابر ماده واحده مصوب مجلس سوء استفاده از عناوین علمی دکتر، مهندس و مانند آن و استفاده غیر مجاز پس از آن در مکاتبات اداری و یا وسایل ارتباطی جمعی مانند رادیو، تلویزیون، روزنامه، مجله، سایت و در نطق ها ها و مجامع عمومی اوراق چاپی یا خطی، مشمول مجازات ماده (۵۵۶ ) قانون مجازات اسلامی می شود و سوء استفاده به میزان سه ماه تا یک سال حبس و جزای نقدی محکوم می‌شود. لذا کسانی که قبل از اتمام دوره دکترا در مقالات یا کتاب‌ها و مکاتبات از این عناوین استفاده کنند یا دارندگان مدارک معادل و سطح3 و 4 حوزه و خبرگان بدون مدرک که این عناوین را برای خود به کار ببرند پرونده علمی آنان فاقد وجاهت قانونی و قابل ارجاع به مراجع قضایی است. مقتضی است در بررسی مدارک علمی متقاضیان، این نکات مورد توجه قرار گیرد.”
یکی از اعضای هیات علمی دانشگاه قم ضمن شکایت به دیوان عدالت اداری در مورد بخشنامه مرکز جذب از هیات عمومی درخواست کرد نسبت به ابطال بخشنامه وزارت علوم اقدام نماید. دیوان عدالت پس از بررسی در هیات عمومی اعلام کرد:"نظر به اینکه به موجب ماده واحده قانون مجازات استفاده غیرمجاز از عناوین علمی مصوبه سال ۱۳۸۸ شرایط اخذ و استفاده از عناوین علمی مستلزم داشتن مدرک معتبر از مراکز علمی و دانشگاهی داخلی و یا خارجی مورد تایید وزارتخانه های علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و شورای عالی انقلاب فرهنگی می باشد و مرتکب این به مجازات ماده ۵۵۶ قانون مجازات اسلامی محکوم خواهند شد و از طرفی مصوبه شماره شورای عالی انقلاب فرهنگی سرفصل استفاده از امتیازات و مزایای علمی و استخدامی را برای دارندگان سطح ۴ حوزوی در حد دکتر تجویز کرده و مشعل به جواز استفاده از عنوان دکترا نیست، چه اینکه اگر شورای عالی انقلاب فرهنگی در این مقام بوده با بیان ساده تری می توانست سطح چهار را همان دکترای دانشگاهی تعریف و تعیین کند، بنابراین بخشنامه مورد شکایت با قانون مغایرت ندارد و ابطال نشد."
هیات عمومی دیوان عدالت اداری یادآوری می کند مدتی قبل مقام معظم رهبری مدظله العالی در سخنان خود در همین رابطه در جمع اعضای موسسه عالی فقه و علوم اسلامی فرمودند: اشتباه بزرگ این بود که آمدند این شهادت را با شهادتهای دانشگاهی مخلوط کردند؛ حالا اوّل که [حتّی] میخواستند اسمش را دکتری و مانند اینها بگذارند که غلط بود، بعد معادل دکتری [گذاشتند]؛ این هیچ لزومی ندارد...
....مطلقاً به نظر من این کار جایز نیست که ما بیاییم با آنها منطبق کنیم کار خودمان را و بگوییم مثلاً این برابر دکتری است، این برابر مثلاً ارشد است، این برابر [کارشناسی است]؛ این اصلاً معنی ندارد؛ چون نوع کار آنها با نوع کار ما متفاوت است....
